En 1959 el Comité d’investigació de la Universitat de Kumamoto va informar que la causa de la malaltia podia ser la contaminació per mercuri, però la industria química i els investigadors que estaven del costat de l’empresa continuaren refutant eixa troballa.
Les associacions de pescadors i de pescaters de l’àrea de Minamata van demanar compensacions pel dany a la pesca, i reclamaren l’eliminació de la contaminació.
El Ministre de Comerç Internacional i Indústria va dir que seria precipitat concloure que el mercuri havia sigut vessat per la factoria.
L’empresa va donar compensacions per a pescadors i pacients. Els acords afavorien l’empresa. Les clàusules dels acords incloïen: “Els grups representatius de pescadors i els pacients de la malaltia de Minamata no podran presentar reclamacions futures per compensació contra l’empresa”.
