El 21 d’abril de 1956, un pediatra va examinar una xiqueta de prop de 6 anys que tenia dificultat per a caminar i parlar. Va ser hospitalitzada dos dies després. Seguidament es va a esbrinar sobre altres pacients amb símptomes similars entre la família i el veïnat i es va notificar oficialment al Centre de Salut Pública de Minamata l’1 de maig de 1956.
Els primers pacients oficials van viure en un lloc aïllat al final d’una petita entrada a la badia de Minamata. Com que l’esclat de la malaltia va ser espontani i es va produir entre veïns, els metges de la fàbrica i els funcionaris públics del Centre de Salut sospitaven que es tractava d’una malaltia contagiosa i van traslladar els malalts a una sala d’aïllament. Funcionaris del Centre de Salut Pública anaren a les cases dels pacients i van fer un tractament amb desinfectant.
Eixe mateix any es crea un Comité d’investigació a la Universitat de Kumamoto.
